Приказом генерального прокурора Российской Федерации Юрия Чайки Сергей Панюшкин назначен на должность прокурора Самарского района Самары.

Сергей Панюшкин состоит на службе в органах прокуратуры в должностях: с 1990 г. по 1991 г. - стажера, следователя прокуратуры Новгородского района Новгородской области, с 1991 г. по 2003 г. – следователя, старшего следователя прокуратуры Советского района г. Самары, с 2003 г. по 2007 г. - прокурора-криминалиста прокуратуры г. Самары. С 2007 г. занимал должность заместителя прокурора г. Самары.